经过对食用农产品质量安全监管体系进行优化，部门间的职能界定与协同运作机制受到了广泛关注。此次优化工作的核心目标是提升对食用农产品质量安全的保障水平，同时努力降低生产及销售过程中可能出现的各种问题。
监管职责划分
食品药品监管机构承担着对流通至批发、零售市场及生产加工环节的食用农产品进行监管的职责。该机构需履行监管职责食品药品安全监管工作职责，制定相应的管理规章，并不断加强保障水平。值得注意的是，尽管农业部门不再承担市场后续监管任务，但依然拥有进入市场进行风险评估和监测的权限。
准出准入衔接
农业与食品药品监管部门协同构建了产地与市场间衔接的机制。该机制以食用农产品质量达标为基准，旨在确保农产品从生产源头至销售终端的无缝流通，并保证市场产品品质的可靠性。
追溯体系建设
食品药品监管部门与农业监管机构共同协作，共同推动食品安全追溯体系的构建。他们负责监督企业落实采购、检验和记录等方面的规章制度，旨在确保与农业追溯系统的高效融合，从而实现产品从生产起点到销售终点的全程可追踪。此举旨在为消费者在购买过程中提供安心和信任的保障。
联合专项治理
针对农产品生产、流通、销售和消费过程中暴露出的诸多关键问题，相关部门联合启动了专项整治行动。此举措旨在分步骤地解决生产、采购、销售及消费各环节存在的问题，以确保食品市场的安全与稳定。
基层监管能力提升
相关部门正在积极推进监管机构的构建及人员配备事宜。他们与编制、发改委、财政等多个相关部门保持沟通，旨在确保基层监管能力的提升得到预算分配和基础设施建设规划的充分考虑，进而有效增强基层监管的效率。
信息共享与协作
构建监管信息交流平台，并按期执行信息互换流程。对统计系统实施优化，以保障数据交换的有效性。在检验检测资源管理方面，农业部门负责市场外事务，食品药品监管部门则负责市场内工作，且在特定情况下，检测机构之间可以实施协作。
农产品质量的安全性对民众的日常生活有着直接的影响，因此，农业以及食品药品监管部门有必要加强合作，切实承担起各自的监管职责食品药品安全监管工作职责，确保向公众提供安全可靠的农产品。在合作推进的过程中，这两部门面临的最大挑战可能是如何高效整合资源，提升监管效能，并确保监管措施得到全面而严格的实施。
